Em 2026, a humanidade está enfrentando sua pior crise e está muito próxima da extinção por conta de um vírus mortal. Um grupo de sobreviventes organiza uma expedição pelas florestas próximas de São Francisco em busca de uma nova fonte de energia quando se deparam com uma comunidade, muito evoluída, de macacos liderados por César. Alguns dissidentes, mesmo com o pacto de paz firmado, quebram a trégua e dão início a uma guerra sem precedentes entre as duas espécies.
